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Le murmure des flots permet à Conan de retrouver la mémoire ! Notre jeune détective s'appelle encore Shinichi et se trouve sur une plage avec Ran où il rencontre Sera pour la première fois... Mais aussi un jeune homme qui ressemble étrangement à Shûichi Akai...

Conan, Kogoro, Amuro et Kanenori Wakita sont piégés dans une église abandonnée dans une forêt de Nagano ! Pour s'en sortir, ils devront déchiffrer des messages codés épineux et résoudre une série de meurtres sordides. C'est au cours de cette affaire que Conan essaiera de tirer les vers du nez d'Amuro pour en savoir plus sur le vrai visage de Rhum...

Où se trouve la capsule temporelle cachée à Teitan ? La réponse est dans le message laissé par Akemi Miyano ! Conan et Haibara vont tenter de le décoder ! Un coup de feu dans un restaurant gastronomique français ! Le professeur Agasa a été enlevé et Conan prend ses ravisseurs en chasse ! C'est alors qu'apparaît devant lui « la déesse du vent »... Mais qui est-elle vraiment ? Kaito Kid a décidé de s'emparer d'un nouveau trésor et, cette fois, c'est Touru Amuro qui se dresse contre lui !

Conan et ses amis sont invités dans la maison du fameux magicien, Mister Masakage. Ce jour-là marque aussi le dixième anniversaire de sa soudaine disparition. C'est alors qu'est découvert le cadavre de son disciple Heiji Hattori, le détective de l'est, ce qui va jouer un grand rôle dans cette affaire.